部屋を汚したり、傷つけたりしていないのであれば修理代を差し引かれることはありません。
借りた人は、返すときには部屋を元の状態にもどして返す必要があり、あなたが、照明器具を自分の好きなものに変えたような場合であれば、元あった照明器具に戻すか、元の照明器具に戻すために必要な費用を弁償しなければなりません。でも、通常の使用によって当然に生ずる汚れや消耗については、元に戻す義務は無いとされています。
問題は、請求内容が、通常の使用によって当然に生ずるような汚れ・消耗であるどうかですが、裁判所は、「入居者が変わらなければ取り替える必要が無い程度の状態であれば、通常の使用によるもの」と判断しています。
どのような場合に借主負担とすべきかについては、国土交通省住宅局が作成した「原状回復をめぐるガイドライン」の別表が参考になるでしょう。

ご質問の見積もりは、2年間しか使用しないのに、壁紙やカーペットを新しくするというのですから、新しい借主を募集するために行うリフォームと考えられますので、あなたが負担する必要は無いと考えます。

契約時の約束は守らなければならないのが原則です。
裁判になって、入居時の契約に畳替えを借主負担とするような特約があった場合には、退去時に賃借人が畳替え費用を負担しなければならないと判断された事例があります。
修理特約について、裁判では、専用部分の修理や取替は、賃借人負担とする特約があっても、賃借人に修繕費を払わせるまでの効力を認めていません。賃貸人の修繕義務を免除しただけと判断しているのです。
でもこのような特約は紛争の種になりかねません。契約をするときには、こうした特約については十分注意して納得がいかない契約をしないよう十分気をつける必要があります。
仲介業者に対しては、条例で契約時に原状回復等に関する説明をすることが義務付けられていますから、よく説明を聞いて、納得ができない特約は変更を求めましょう。